Tallinna Avatud Koolis tegutseb lisaks hoolekogule aktiivne vanematekogu, mille eesmärgiks on igakülgselt toetada Tallinna Avatud Kooli eesmärkide saavutamist. Vanematekogu on nõuandev organ, mille eesmärk on igakülgselt toetada Tallinna Avatud Kooli eesmärkide saavutamist. Vanematekogu annab sisendid hoolekogule, näitab initsiatiivi koolikeskkonna parandamiseks prioriteetses valdkondades ning panustab ülekooliliste ürituste korraldamisel.

Tallinna Avatud Kooli vanematekogusse kuuluvad: 

1. hoolekogu lapsevanemate esindajad (3 esindajat)
2. õpetajate esindajad, kes valitakse õppenõukogus (2 esindajat),
3. iga klassi lapsevanemate esindaja ning tema asendusliige, kes valitakse augustis toimuvatel klassikoosolekutel (22 esindajat, 22 asendusliiget),
4. koolijuht,
5. kooli juhtkonna esindaja (vähemalt 1 esindaja).

Vanematekogu valib enda hulgast vanematekogu esimehe ja aseesimehe. Vanematekogu töövormid on koosolekud ning töörühmad. Korralised koosolekud toimuvad vähemalt 4 korda õppeaasta jooksul. Töörühmad ning töörühmade juhid otsustatakse korralisel koosolekul.

Vanematekogu liikmete volitused kestavad ühe õppeaasta ning liikmeid kutsub tagasi neid valinud või määranud organ.